Cuando Mysql pasó a la versión 4.1, la mayoría hicimos el cambio, actualizamos la base de datos, se habrá ajustado el código si correspondía, y se actualizaron los conectores de Mysql.
Uno de los cambios fue en el algoritmo de autenticación que utiliza la base de datos.
Muchos de los programas que se utilizaban, hicieron lo propio, y también actualizaron; pero hubieron algunos que no lo lograron (por los motivos que sea). En mi caso, fue el DBDesigner el que me trajo algo de dolor de cabeza.
Al querer conectarse, se obtenía un poco agradable mensaje que rezaba.
Client does not support authentication protocol requested by server; consider upgrading MySQL client
Por suerte, existe una solución de compatibilidad.